大型机组启动备用变断路器发生非全相时，产生负序电流，依据产生负序电流的大小对接于其上的负载造成不同程度损伤、同时对系统产生影响，必须及时切除。分析了变压器非全相运行时的相序电流和相序电压与故障前负载电流的关系。启动备用变在轻载时，负序电流非常小，传统电流保护不易判断，提出了负序电流比例增量保护思路，设计出采用负序电流比例增量判据的非全相保护逻辑图。结合实例分析了现行启动备用变非全相保护存在的问题，给出详细配置方案以及在不同情况下的启失灵方案。