分析了智能变电站中光纤差动保护相对传统采样保护的变化，介绍了采样值传输采用点对点连接方式的智能变电站中光纤差动保护的应用环境。阐述了智能变电站内部采样数据同步的过程，介绍了软件插值算法、重采样技术在智能变电站中的应用。提出了一种利用虚拟同步采样中断技术实现的光纤差动保护同步新方案，详细给出了这种同步方案的实现方法，对这种同步方案的误差进行了理论分析。本方案已成功应用于实际工程当中。