分析了智能变电站中电子式互感器双A/D采样的理论偏差及采样数据异常造成差动保护误动作的临界条件，在此基础上提出了一种基于电子式互感器双A/D采样的差动保护可靠性方案。该方案基于采样值瞬时值判别，设置绝对偏差判据和相对误差判据，两个判据协同工作，当仅有一个采样点数据异常时，采用线性插值算法对修复，连续两个采样点异常时闭锁保护。通过理论分析和仿真验证可知，该方案可以有效保证差动保护在双A/D正常工作时不会误闭锁、任何时候一路A/D异常时能可靠闭锁、在双A/D偶尔异常时仍能可靠工作。该方案可靠性高、运算量小、易于实现、并具备一定的容错能力，有着广泛推广的现实意义。