提出了一种继电保护定值在线整定的新方法。依托故障信息系统或定值整定通信单元建设定值远方自动整定系统，读取传输进来的定值单内容，完成定值单内容的解析和比对，通过远程下发装置定值修改命令实现在线整定。确定了在线整定系统的系统结构和功能要点，对其中的技术关键问题做了详细介绍。依照电力系统信息安全防护规定，建立了E语言格式的定值单描述规范；利用反向物理隔离装置，解决了定值数据的跨安全区传送问题。所提方法已在实际电网现场成功应用，表明该系统具有良好的实用价值。