根据典型三层两网智能变电站的特点，提出了基于分层配置的继电保护方案设计，线路保护、变压器保护等间隔保护安排在过程层，不依赖过程层交换机独立跳闸。多间隔的母线保护配置在间隔层，通过过程层交换机网络实现保护和跳闸。设计了站域智能保护管理单元，配置在站控层，实现站域（后备）保护和管理。线路保护和变压器只含包含传统保护中的主保护，其他后备保护由站域智能保护单元实现。该设计将全局信息引入继电保护系统，重新审视保护的原理与配置，即能保证主保护基本不受系统运行方式的影响，可快速切除故障元件，又可解决后备保护易受系统运行方式影响，配合关系复杂，动作时间长等问题，为我国电网铸造更加安全、可靠的第一道防线。