在智能变电站的可靠运行中，电子式互感器的数字输出校验是非常重要的环节。依据IEC61850-9-2LE规约，构建了一套电子式互感器的校验与在线监测系统，可用于生产中电子互感器数字输出的大批量校验与运行中的在线监测。系统完全用C++、C#语言开发，避免对国外商业软件的依赖；并引入了FFT的双峰谱线修正算法，有效地减了非同步采样和傅里叶变化引起的测量误差。通过实验仿真证明了本系统的可靠性与精确度。