在故障情况下，电流互感器(CT)的一次电流非常大，且含有衰减的直流分量，容易使CT饱和，导致二次电流严重失真，使继电保护装置或控制设备不能正常动作。本文提出了一种饱和二次电流的误差补偿算法。该算法根据测得的二次电流估计铁芯中的磁通量及激磁电流，并将估计的激磁电流加入到实测二次电流中，起到补偿作用，矫正失真的二次电流。EMPT仿真及算例分析证明了本文算法的有效性。