在微机自动准同期装置中，相位差的测量是同期判断的关键因素。目前国内大量采用零交法测量同期点两侧相位差，其在谐波等干扰条件下误差较大。相位差的傅立叶算法具有抗谐波干扰能力，但在同期点两侧频差较大时，存在计算误差。对不同步采样条件下交流信号的傅氏变换结果进行分析，对相位差的傅氏算法进行了改进，并进行仿真、实验，证明可以提高测量精度。目前该算法已经应用在具有同期功能的变电站测控装置中，获得了满意的效果。